mirage> Количество msgid лимитировано длиной GET запроса на сервере.
mirage> Почему вместо этого не передавать msgid в POST?

Думаю, из соображений простоты. А фетчеры обычно забирают сообщения пачками, скажем, по 16 сообщений. В цикле. Поэтому ограничение не критично.